První Epištola Timoteovi představuje církev jako Boží dům a předepisuje její božský pořádek podle Božích myšlenek. Uznává, že i tehdy byli jednotlivci, kteří se obrátili k marnému mluvení, přejíce si být učiteli zákona, a že tam byli někteří, kteří ztroskotali ve víře. Také byla dána varování, že v pozdějších dobách někteří odpadnou od víry. Přesto je na většinu křesťanů pohlíženo jako na přející si dostát své odpovědnosti v udržování pořádku Božího domu a velkým cílem Ducha v této Epištole je dát naučení týkající se tohoto pořádku a chování, které je s ním v souladu ve všech podrobnostech jeho správy na zemi.
Ve Druhé Epištole Timoteovi je vše změněno. Církev jako Boží dům už není viděna jako udržovaná v pořádku podle Boha, nýbrž jako upadnuvší do nepořádku díky selhání člověka. Vzhledem k tomuto selhání a nepořádku apoštol Pavel píše Timoteovi, aby ho ve dnech úpadku povzbudil, poučil a napomenul, a dále aby ho varoval, že zlo bude pokračovat a zvětšovat se v průběhu doby milosti a ukazovat se v posledních dnech ve svých nejhorších formách.
Takto se v průběhu Epištoly učíme, že už ve dnech apoštolů bylo evangelium v soužení, jeho kazatel pohanům byl ve vězení a svatí opustili toho, kdo je seznámil s plnou pravdou křesťanství (1. kapitola). V křesťanském vyznání povstali falešní učitelé, kteří světskými a marnými žvásty učili bludům, které povedou k bezbožnosti, takže ve výsledku se Boží dům stane velkým domem, ve kterém nádoby ke cti budou s nádobami k necti (2. kapitola). Nadto, jestliže toto byl stav, který začal tehdy, pak bude následovat horší stav. V posledních dnech přijdou nesnadné časy, kdy většina vyznávajících křesťanů se bude vyznačovat formou pobožnosti bez její síly. V takovém stavu zlí lidé půjdou k horšímu a nakonec křesťanské vyznání už nebude snášet zdravé učení. Takto je v První Epištole většina viděna stále jako věrná, i když jednotlivci mohou selhat. Ve Druhé Epištole většina selhala a jen jednotlivci zůstávají věrní svému vyznání (3. a 4. kapitola).
Tato Epištola dále ukazuje, že v době, kdy povstávala bouře zla, právě ten, jenž tak často porážel nepřítele a vedl svaté, měl být odstraněn. Tak se může zdát, že apoštol měl být vzat právě ve chvíli, kdy jeho přítomnost byla nejvíce zapotřebí.
Je tu popsána zvláštní kombinace okolností: vznik bouře zla a odstranění toho, jenž byl tak vhodný, aby se jí postavil (apoštola Pavla). Duch Boží používá tuto kombinaci okolností, aby věrným věřícím v celé době křesťanství ukázal, že – nehledě na všechnu lidskou činnost – Bůh stačí na každou kritickou situaci, které mají čelit.
Ačkoli byl před odchodem a hleděl kupředu s důvěrou na korunu spravedlnosti v den Pána, apoštol nemohl jinak, než hluboce pociťovat selhání toho, k čemu byl Bohem užit, aby to zřídil na zemi. Všechnu bolest srdce vylévá do uší svého milovaného dítěte ve víře. Toto odlehčení srdce apoštola Timoteovi je Božím Duchem na jedné straně užito k varování věřících předem, že zkáza křesťanstva bude mít v průběhu doby postupující charakter, a na druhé straně k ukázání velikosti našich zdrojů pomoci v Bohu, v Kristu a v Písmech, abychom byli podepřeni uprostřed zla a mohli v nesnadných dobách chodit podle Božích myšlenek.
Naučení Epištoly je předloženo v následujícím pořádku: